Vaksin rotavirus tidak termasuk di dalam program imunisasi kebangsaan. Vaksin ini boleh diberikan kepada bayi berusia 6 minggu dan ke atas bagi mencegah cirit-birit dan muntah yang disebabkan oleh jangkitan rotavirus dan boleh diberikan daripada usia 6 minggu hingga 32 minggu bergantung kepada jenis vaksin yang diberikan. Walaubagaimanapun, vaksin ini tidak boleh diberikan jika:

• Bayi pernah mengalami reaksi alahan yang teruk terhadap vaksin rotavirus atau alahan kepada mana-mana komponen dalam vaksin.
• Bayi menghidap penyakit gangguan genetik yang jarang berlaku yang boleh menjejaskan sistem pertahanan badan dan dikenali sebagai Severe Combined Immunodeficiency (SCID).
• Bayi mengalami sejenis penyumbatan usus (teleskopi pada bahagian usus atau intussusception).
• Bayi dilahirkan dengan kecacatan dalam usus yang boleh menyebabkan penyumbatan usus.

Vaksinasi perlu ditangguhkan sekiranya bayi mengalami jangkitan yang teruk dan demam dengan suhu yang tinggi, cirit-birit dan/atau muntah.